Considéré comme un établissement d'enseignement supérieur de premier plan dans le domaine des sciences de la vie et de l'environnement, AgroParisTech a deux missions fondamentales : former des ingénieurs au cœur d'un dispositif élargi à d'autres formations académiques et professionnelles et organisé en réseaux régionaux ou thématiques construits avec de nombreux partenaires, et produire et diffuser des connaissances (recherche et développement) en partenariat avec les grands organismes de recherche et les principaux centres techniques professionnels concernés.